ミニプレップを自作Buffer+単品カラム購入で頑張ってみる
目的
生物系のラボでは日々、プラスミドの精製でミニプレップをしていると思います。来る日も来る日もひたすらミニプレップをしているせいで感覚が麻痺している(笑)と思いますが、結構コストがかかっています。。。
以前の当ブログ記事では、格安ミニプレップキットについて紹介しました。 kanenashi-kenkyu.hatenablog.com
上記の記事では、単純に使用するキットを変更してコストダウンをしようという話でした。今回は、これをもう一歩進めて、
- スピンカラムだけ単品で購入し、
- Bufferを自作してコストダウン
というところを記事に書こうと思います。
単品カラムはどこから買う?
まずは、必要な単品カラムを調達します。様々なメーカーが単品カラムを販売していますが、ここは価格面で下記のもの一択でしょう(主観)。
メーカー | 製品名 | 定価(税抜) | 入数 | 単価 |
---|---|---|---|---|
Favorgen | Plasmid DNA Extraction mini Column | 8500円 | 100入 | 85円 |
(2018年5月現在)
購入に当たっては、やはりキャンペーンを利用しましょう(笑)。下記のキャンペーンが、例年11月〜3月末まで行われています。これを利用することによって、300 prep分のカラムが17000円(からの値引き)で手に入れることが出来ます。
ミニプレップ用バッファーを自作しよう
貧乏研究者なワタシにとって、自分で作れるモノは自分で作ってコストダウンが必須であります。インターネットの海原には素晴らしい先人たちの集合知が隠されており、ミニプレップ用バッファーレシピが数多く公開されています(笑)これらはいずれも簡単に作れます。
Buffer P1 (FAPD1)・・・50 mM Tris-HCl pH 8.0、10 mM EDTA、100 µg/ml RNase A;4℃保存
試薬 | 加える量 | メーカー | カタログ番号 | コスト |
---|---|---|---|---|
1 M Tris-HCl pH 8.0 | 2.5 ml | 自作 | レシピは記事中にあり | 0.8円 |
0.5 M EDTA pH 8.0 | 1 ml | 自作 | レシピは記事中にあり | 2.5円 |
ミリQ | 46.5 ml | 自前 | ー | ? |
RNase A | 5 mg | ナカライテスク | 30141-14 | 525円(キャンペーン利用時) |
Buffer P2 (FAPD2)・・・200 mM NaOH、1% SDS;室温保存
試薬 | 加える量 | メーカー | カタログ番号 | コスト |
---|---|---|---|---|
ミリQ | 60 ml | 自前 | ー | ? |
NaOH | 0.8 g | 関東化学 | 37184−00 | 2円 |
SDS | 1 g | 富士フィルム和光純薬 | 191−07145 | 21円 |
ミリQ | 100 mlにメスアップ | 自前 | ー | ? |
Buffer N3 (FAPD3)・・・4.2 M Gu-HCl、0.9 M potassium acetate、pH 4.8;室温保存
試薬 | 加える量 | メーカー | カタログ番号 | コスト |
---|---|---|---|---|
ミリQ | 50 ml | 自前 | ー | ? |
酢酸カリウム | 17.67 g | 富士フィルム和光純薬 | 160−03175 | 101円 |
グアニジン塩酸塩 | 80.25 g | 富士フィルム和光純薬 | 078−05003 | 1035円(キャンペーン利用時) |
このままでは溶けないため、酢酸(cc 10 ml)でpH 4.8にする | ー | 富士フィルム和光純薬 | 017−00251 | 16円 |
ミリQ | 200 mlにメスアップ | 自前 | ー | ? |
Buffer PB (W1 buffer)・・・5 M Gu-HCl containing 30% isopropanol;室温保存
試薬 | 加える量 | メーカー | カタログ番号 | コスト |
---|---|---|---|---|
ミリQ | 50 ml | 自前 | ー | ? |
グアニジン塩酸塩 | 95.53 g | 富士フィルム和光純薬 | 078−05003 | 1232円(キャンペーン利用時) |
このままでは溶けないため、ミリQ加える | 140 mlにメスアップ | 自前 | − | ? |
溶けたらイソプロを加える | 60 ml | 関東化学 | 32435−00 | 114円 |
Buffer PE (Wash buffer)・・・10 mM Tris-HCl pH 7.5 containing 80% etanol;室温保存
試薬 | 加える量 | メーカー | カタログ番号 | コスト |
---|---|---|---|---|
ミリQ | 80 ml | 自前 | ー | ? |
Tris | 0.61 g | 富士フィルム和光純薬 | 203−06277 | ほぼゼロ |
6 M HClでpH 7.5にする | cc 500 µl | 関東化学 | 18078−70 | ほぼゼロ |
ミリQ | 100 mlにメスアップ | 自前 | ー | ? |
エタノール | 400 ml | 関東化学 | 14033−00 | 1920円 |
1 M Tris-HCl pH 8.0;4℃保存
試薬 | 加える量 | メーカー | カタログ番号 | コスト |
---|---|---|---|---|
DIW | 350 ml | 自前 | ー | ? |
Tris | 60.55 g | 富士フィルム和光純薬 | 203−06277 | 316円 |
濃HClでpH 8.0にする | ー | 関東化学 | 18078−70 | 40円ぐらい |
DIW | 500 mlにメスアップ | 自前 | ー | ? |
オートクレーブ | ー | ー | − | ー |
0.5 M EDTA pH 8.0;室温保存
試薬 | 加える量 | メーカー | カタログ番号 | コスト |
---|---|---|---|---|
DIW | 70 ml | 自前 | ー | ? |
EDTA | 18.61 g | 関東化学 | 14097−00 | 246円 |
NaOH | 2 gぐらい | 関東化学 | 37184−00 | 5円ぐらい |
5 M NaOHでpH 8.0にする | 適量 | 自作 | ー | ? |
DIW | 100 mlにメスアップ | 自前 | ー | ? |
オートクレーブ | ー | ー | − | ー |
プロトコル
Favorgenやキアゲンなどメーカーのプロトコルに従って行うだけです。キットと同等の収量と品質で全く問題ありません。ちなみにElution bufferは普通の10 mM Tris-Cl, pH 8.5です。これも自作可能ですね。
コストに関する考察
今回自作したbufferを300 prep分の量に換算すると、3150円ほどかかることが計算から判明しました(笑)。。。結構高いですね。。。一方、Favorgenのキットは17000円です。単品カラムを購入した場合300個で値引きを鑑みても、14000円弱と思います。ということは、単品カラム+Buffer自作だと、17000円程度になりますねΣ(゚д゚) エッ!? ということは、、、ミニプレップキットとコストが変わらないことが判明しました!!!意味ないですね!!!マンパワーを考えるとマイナスも甚だしです\(^o^)/オワタ
終わりに
今回の記事から、ミニプレップはBuffer自作+単品カラム購入ではなく、ミニプレップキットを買っておけ。。。という結論に到りました。しかしながら、Buffer類を自作できるということを理解しておくと、他のところでも役に立つのではないかと思います。
研究費もマンパワーもないけど、なんとか実験して論文を出していきたいですね。
参考
What is the composition of Buffer EB? - QIAGEN